북한 경비정 6척이 99년 6월7일 꽃게잡이 어선을 앞세우고 연평도 서방 10km 지점에서 북방한계선(NLL)을 넘어 우리 영해를 침범해 들어와 한국 해군의 경고를 무시하고 침입과 퇴각을 반복하면서 9일 동안이나 버티다가 이를 '충돌식 밀어내기'전술로 저지하는 한국함정에 북한경비정이 선제사격을 가함으로써 결국 남북 함정간의 치열한 포격전(6.15)으로 발전하였다.

이 교전에서 북한해군은 어뢰정 1척이 침몰하고 경비정 4척이 대파되었으며 북한군 20-30여명이 사망하는 큰 피해를 입은 반면에 한국해군은 경비정 몇 척이 일부 파손되고 해군 7명이 부상당하는 비교적 경미한 피해를 입었다. 이 충돌로 망신을 당한 북한해군이 북쪽으로 퇴각하여 추가도발을 해오지 않음으로써 이 사건은 일단락 되었으나 이번 북한의 북방한계선 무단침범은 '정전협정'의 정신과 '쌍방이 지금까지 관할한 구역을 인정'키로 한 '남북기본합의서'(1992년)의 합의를 정면으로 위반한 범법행위이다. .

북한이 이 사건을 일으킨 목적으로 대북포용정책하의 한국정부의 국방의지 시험, 북방한계선을 무시함으로써 정전협정체제 무력화, 향후 남북협상에서 실익을 취할 수 있는 유리한 고지 선점, 유고 패전에 따른 위축된 북한내부 결속을 위한 긴장 조성용, 꽃게.새우.조기 등 고급어종이 풍부한 서해 5도 인근 황금어장 확보 등 다목적 카드로 활용하기 위한 것으로 분석됐다. .

그러나 북한이 우리해군과의 교전에서 참패를 당함으로써 '선군정치'와 '필승불패'를 선전해온 북한 武力이 허구에 불과함을 스스로 노출시켰으나, 한국측에는 오히려 대북포용정책이 튼튼한 안보를 바탕으로 하고 있다는 것과 우리 해군의 전투력이 북한보다 한수 위에 있음을 확인시키는 좋은 계기가 되는 등 의외의 성과를 안겨주었다. .

이 교전사태에도 불구하고 한국정부는 대북 비료수송선을 예정대로 북한으로 출항시켰으며 금강산 관광과 북경 차관급 회담을 계획대로 진행시킴으로써 대북포용정책의 기조에는 변함이 없음을 내외에 천명하였다.